Physical Modeling of Complex Systems

Nadchodzi czas kiedy biologia musi się zmierzyć z fizyką. Ostatecznie wszystko sprowadza się do fizyki i matematyki. Kiedy nie wystarczają już diagramy, malunki i potok słów a potrzeba konkretów, tam do głosu dochodzi matematyka. O tym traktował ten przedmiot. Budowanie modeli systemów złożonych jakimi niewątpliwie są wszelkiej maści układy biologiczne. 

Co tydzień porcja zadań do rozwiązania, to niewątpliwie pochłaniało mnóstwo czasu, szczególnie że były to symulacje. Świeże, chyba nieznane mi podejście do rozwiązywania układów równań różniczkowych {możliwe, że przespałem wykład z analizy matematycznej}. W każdym razie analizy rozwiązania bez samego rozwiązywania układu wydaje się kuszącym pomysłem. Często nie ma innego wyjścia.

Ciekawym zagadnieniem było poszukiwanie motywów w gene regulatory networks, szczególnie z punktu widzenia zastosowania wiedzy z teorii grafów. Pokrótce można powiedzieć, że układ oddziałujących genów sprowadza się do pewnego grafu skierowanego. W takich sieciach poszukuję się motywów, które występują częściej niż takie same motywy w grafach losowych. Wykład szanownej prof. Balińskiej był niezwykle pomocny {choćby ze względu na zasób pojęciowy}.
Z punktu widzenia informatycznego, to poszukiwanie podgrafów o zadanej strukturze, w całym grafie. Macierz A, grafy K4 i takie tam. Eh, przypomniały się stare dobre czasy i... algorytmy.

Egzamin był w formie prezentacji (przynajmniej przed termin). Dostaliśmy kilka artykułów i mieliśmy omówić temat. Mnie przypadło zagadnienie dotyczące dyfuzji opisanej przez Fishera i Kolmogorov. 

• http://krajniak.info/tmp/presentation_1.pdf
• http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/