After Erasmus

Nie wiem o co ten cały hałas z depresją po Erasmusie. Odpoczywam po całym roku dość intensywnej pracy i cieszę się, że jestem tu gdzie jestem. 

Warto było wyjechać, poznać nowe otoczenie, ludzi, uczelnię, sposób nauczania, sprawdzić własne możliwość. Nabrać też pewności i pewnej świadomość, że w zasadzie można być wszędzie. Spakować się, wyjechać choćby jutro i żyć gdzie indziej. W końcu skoro raz się sprawdziło i okazało się, że można to teraz nie ma już obaw, że coś może pójść nie tak. Nawet jeśli, można to naprawić.

Tym optymistycznym akcentem zamykam blog :-)

Physical Modeling of Complex Systems

Nadchodzi czas kiedy biologia musi się zmierzyć z fizyką. Ostatecznie wszystko sprowadza się do fizyki i matematyki. Kiedy nie wystarczają już diagramy, malunki i potok słów a potrzeba konkretów, tam do głosu dochodzi matematyka. O tym traktował ten przedmiot. Budowanie modeli systemów złożonych jakimi niewątpliwie są wszelkiej maści układy biologiczne. 

Co tydzień porcja zadań do rozwiązania, to niewątpliwie pochłaniało mnóstwo czasu, szczególnie że były to symulacje. Świeże, chyba nieznane mi podejście do rozwiązywania układów równań różniczkowych {możliwe, że przespałem wykład z analizy matematycznej}. W każdym razie analizy rozwiązania bez samego rozwiązywania układu wydaje się kuszącym pomysłem. Często nie ma innego wyjścia.

Ciekawym zagadnieniem było poszukiwanie motywów w gene regulatory networks, szczególnie z punktu widzenia zastosowania wiedzy z teorii grafów. Pokrótce można powiedzieć, że układ oddziałujących genów sprowadza się do pewnego grafu skierowanego. W takich sieciach poszukuję się motywów, które występują częściej niż takie same motywy w grafach losowych. Wykład szanownej prof. Balińskiej był niezwykle pomocny {choćby ze względu na zasób pojęciowy}.
Z punktu widzenia informatycznego, to poszukiwanie podgrafów o zadanej strukturze, w całym grafie. Macierz A, grafy K4 i takie tam. Eh, przypomniały się stare dobre czasy i... algorytmy.

Egzamin był w formie prezentacji (przynajmniej przed termin). Dostaliśmy kilka artykułów i mieliśmy omówić temat. Mnie przypadło zagadnienie dotyczące dyfuzji opisanej przez Fishera i Kolmogorov. 

• http://krajniak.info/tmp/presentation_1.pdf
• http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/ 

Scanning Probe Microscopy

Kurs ten obejmował dwie techniki SPM: Scanning Tunneling Microscopy i Scanning Force Microscopy i został podzielony na trzy części. Część pierwsza obejmowała omówienie podstawowych składników STM i SFM z omówienie szczegółowo potencjalnych problemów na jakie można się natknąć przy pomiarach i jak je ewentualnie rozwiązywać. Dodatkowo podane zostały podstawy teoretyczne wraz z modelami matematycznymi.

Druga część to szczegółowe omówienie SFM na podstawie dwóch przeglądowych artykułów:

• Advances in atomic force microscopy, Franz J. Giessibl
• Atomic force microscopy and spectroscopy, Yongho Seo, Wonho Jhe

Oprócz tego omówiono różne modyfikacje SFM, t.j.: MFM – MRFM – EFM – KPFM – LFM or FFM – AFAM – CAFM – TUNA.  

Ciekawym pomysłem jest spięcie SFM z MRI. W artykule jaki został nam przedstawiony, osiągnięto rozdzielczość 90 nm [1][2]. SFM wraz z ESR daje również możliwość obserwacji pojedynczych spinów [3] z niezwykłą precyzją. Warto przeczytać ten artykuł. Szczególnie interesujący jest sam sposób połączenia oscylacji dźwigni (cantilever) z oscylacją pola elektromagnetycznego.

Ostatnia część to kilka godzin zajęć praktycznych w laboratorium, gdzie można było zobaczyć jak się takie pomiary przeprowadza, jak przygotowuję się próbki etc.
Egzamin jak zwykle ustny, po jednym z każdej części. 

Nanobiology

Kurs został podzielony na trzy części. Część pierwsza traktowała o metodach obserwacji układów biologicznych w skali nano. W zasadzie była to skrócona wersja wykładu Advanced Fluorescence and Fluorescence Microscopy.

Zajęcia prowadzone były przez tego samego wykładowcę, także można było mieć pewność, że informacje jakie przekazuje mają nie więcej niż rok. Zawiodłem się na laboratorium z tego przedmiotu. Ok, nauczyłem się analizować dane z eksperymentów FRAP, FRET, FCS i SPT ale mogłoby to być zrobione w bardziej rozwijającej formie. W każdym razie, obsługa programu IgorPro nie stanowi już tak dużej zagadki.

Druga część poświęcona była w głównej mierze nanomedycynie. Mam wrażenie, że silniki molekularne to jest konik tego uniwersytetu, bo oczywiście pojawiło się i to. Po dwóch kursach wiem o nich wszystko. Było też standardowo o nowych rodzajach Drug Delivery Systems, czyli znany mi temat.

Natomiast temat dotyczący Nanobodies, to już była nowość dla mnie. Wcześniej nigdy o tym nie słyszałem, nie pamiętam również żebym czytał o tym. Koncepcja wydaje się ciekawa z aplikacyjnego punktu widzenia. Oczywiście moja wiedza z mechanizmów działania układu immunologicznego była znikoma i nadal taka jest (co nie co trzeba było się podszkolić, żeby chociaż wiedzieć, konceptualnie, o czym jest wykład). 

Egzamin był zabawny. Cały kurs poświęcony nanomedycynie, a na egzaminie przyszło mi zaproponować zastąpienie pestycydów innym środkiem (nie GMO), który działałby równie skutecznie. Środek/technika miała bazować na nanotechnologii. Nagle trzeba sobie uświadomić co to są pestycydy i ruszyć wyobraźnie bo nic innego nie pozostało. 

So that's all.

Ostatni dzisiaj egzamin. Nie mam jeszcze wyników, pewnie będą na początku lipca.

Ot zrealizowane w tym semestrze przedmioty (może pokuszę się je opisać w najbliższym czasie):  

• Nanobiology
• Chemistry at Nanometre Scale
• Micro- and Nanofluidics
• Computional Methods in Solid State Physics
• Scanning Probe Microscopy
• Magnetic Resonance
• Physical Modelling of Complex Systems

Daje to 32 ECTS i 249h zajęć.
Dodatkowo seria wykładów Lecture of Nanoscience i wykłady z Bioinformatyki.

Nieźle się wymęczyłem, oczywiście na własne życzenia bo pewnie wcale nie trzeba było wybierać tych wszystkich przedmiotów. Zastanawiające ile z tego zdam a ile będę musiał jeszcze w sierpniu poprawiać. W każdym razie 11/07 wyjeżdżam, przynajmniej na jakiś czas (oby dłuższy niż 1mc), z Leuven.

Czy warto było, to się okaże w przyszłości. Na pewno dużo się można było nauczyć i nauczyło, druga sprawa to przydatność tej wiedzy, informacji i umiejętności w dalszym etapie.